K-제약바이오 中企 ‘수난시대’…“매출 늘어도 적자 깊어져”

K-바이오 1분기 외형 성장했지만…中企 영업이익률 1%→-31.5% ‘악화’
中企 수출 줄어도 R&D는 확대…정부 보조금은 대기업·중견기업 편중
중소 제약사 ‘성장의 역설’ 심화…하반기 약가인하·R&D 부담까지 가중

국내 중소 제약·바이오업계가 만성적인 '적자 속 생존'에 시달리고 있는 것으로 나타났다. 매출이 성장해도 수익성은 오히려 후퇴하는 이른바 '성장의 역설'이 이들 중소기업계에 만연해 있다는 분석이다.

30일 한국바이오협회가 발표한 '2026년 1분기 상장 바이오헬스케어기업 동향조사' 결과에 따르면, 올해 1분기 국내 상장 바이오헬스케어 기업 82곳 가운데 중소 의약품 기업에 해당하는 21곳의 매출은 총 2324억원으로 집계됐다. 전년 동기 2160억원 대비 약 7.6% 증가한 수치다. 같은 기간 대기업 8곳과 중견기업 28곳도 매출이 각각 34.2%·7.7% 증가해 바이오의약품 분야 전반에서 평균 16.6% 규모의 매출 성장을 이뤘다.

외형 성장치만 놓고 보면 국내 바이오 업종이 전반적인 호황 흐름에 올라탄 모양새지만, 이들 기업의 수익성 지표를 살펴보면 양극화된 결과가 나타난다.

올 1분기 대기업군의 영업이익은 총 1조797억원으로 전년동기 6500억원 대비 66.1% 가량 급증하며 영업이익률은 같은 기간 31.6%에서 40.4%까지 치솟았다. 반면 중견기업군은 이 기간 영업이익이 16.4%(3899억원→3259억원) 감소해 영업이익률은 10.8%에서 8.5%로 떨어졌다.

중소기업군의 상황은 더 암울하다. 지난해 1분기 총 20억원에 불과한 영업이익을 올렸던 중소기업군은 올 1분기 총 658억원 규모 영업손실을 기록하며 대규모 적자로 돌아섰다. 같은 기간 영업이익률은 1.0%에서 -31.5%까지 내려앉았다. 외형 성장에도 불구하고 수익성이 크게 후퇴하는 성장의 역설이 두드러졌다는 분석이다.

이러한 현상은 중소기업에 집중된 의약품 수출 불황과 연구개발(R&D) 투자 확대에 따른 결과로 풀이된다.

실제 올 1분기 대·중견기업의 수출이 전년동기대비 각각 23.4%·11.5% 증가하며 원만한 성장곡선을 그린 것과는 달리, 중소기업의 수출액은 지난해 1분기 1356억원에서 올 1분기 1163억원으로 14.3% 감소했다.

올 1분기 미국-이란의 전쟁으로 국내 업계의 중동 등 '파머징 시장(신흥 의약품시장)' 중심 수출 전략에 차질이 빚어진 것을 감안하면, 상대적으로 미국·유럽 등 빅마켓 진출 난이도가 높은 국내 중소기업계에 이러한 전쟁 여파가 집중된 것으로 보인다.

중소기업계의 적극적인 R&D 투자 확대 기조 역시 수익성 악화에 일조한 모양새다. 올 1분기 중소 의약품 기업이 지출한 R&D 비용은 총 1446억원으로 전년동기(1044억원) 대비 38.5% 늘었다. 같은 기간 R&D 비용을 각각 17.3%·17.7% 늘린 대기업·중견기업과 비교하면 상대적으로 공격적인 수치다. 중소기업군의 올 1분기 매출(2324억원)을 감안하면 이들은 당기에만 평균적으로 매출의 62.2%를 R&D에 재투자한 셈이다.

주목할만한 점은 기업별 정부 R&D 보조금 조달 규모 차이다. 올 1분기 중견기업은 총 88억원 규모 R&D 보조금을 확보했는데, 이는 전년동기 35억원의 2.5배에 이른다. 대기업은 이 기간 0.2% 감소한 88억원 규모 R&D 보조금을 지원받았다.

반면 중소기업의 R&D 보조금 규모는 올 1분기 16억원으로 전년동기 대비 20억원 대비 22.3% 감소했다. 정부의 바이오산업 육성 정책에도 불구하고 공적 자금이 대기업과 중견기업에 편중 조달되며 중소기업의 R&D 부담 완화를 이끌어내지 못한 것이다.

이 같은 국내 중소 제약·바이오업계의 수난시대는 해를 거듭할수록 점차 심화하는 양상을 보이고 있다.

앞서 한국보건산업진흥원이 지난달 발표한 '2025년 바이오헬스산업 기업경영분석'에 따르면, 국내 제약기업 296곳 가운데 중소기업군의 매출은 지난 2021년 4조3220억원에서 지난해 6조971억원으로 5년간 약 41.1% 증가했지만, 이들 중소기업의 영업이익은 지난 2023년 598억원으로 최고치를 기록한 이래 매년 순감소해 지난해 적자(-278억원)로 전환했다.

해당 조사에서는 바이오 업종과 마찬가지로 국내 제약 대기업도 5년간 76.2% 수준의 매출 성장률과 61.2%의 영업이익 증가율을 기록해 대기업과 중소기업간 수익성 양극화 현상이 두드러지게 나타났다.

업계는 올해 하반기 제네릭(복제약) 약가 인하와 함께 혁신형 제약기업 인증제도 개편으로 R&D 투자 확대가 사실상 강제되며 중소기업계의 생존 여력이 크게 흔들리고 있는 만큼, 이들 중소기업계의 고사(枯死)를 방지하기 위한 정부차원의 밀접 지원·육성 방안이 필요하다고 지적한다.

박주성 기자 wn107@ekn.kr